Dr hab. Dariusz Plewczyński, kierownik Laboratorium Bioinformatyki i Genomiki Obliczeniowej Wydziału Matematyki i Nauk Informacyjnych Politechniki Warszawskiej http://4dnucleome.mini.pw.edu.pl , został laureatem pierwszej edycji konkursu PRELUDIUM BIS NCN (panel ST6). Celem naukowym projektu  „Przestrzenny model sieciowy zróżnicowania sekwencji i struktury genomu ludzkiego w skali populacyjnej” jest analiza wpływu wariantów strukturalnych (ang. structural variants, SV, takiej jak delecje, duplikacje, insercje, inwersje, translokacje, etc.) oraz polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (ang. single molecule polymorphism, SNP) na strukturę trójwymiarową genomu ludzkiego. Chcemy zrozumieć jak zmiana usieciowienia (zestawu pętli chromatynowych) genomu w różnych typach komórek zaburza ekspresję genów, a przez to prowadzi to procesu nowotworzenia. Do realizacji projektu wykorzystane zostaną publiczne i prywatne wyniki doświadczeń wielko-skalowych bazujących na sekwencjonowaniu następnej generacji, oraz rozwijane w Laboratorium metody obliczeniowe, takie jak statystyczna analiza danych, uczenie maszynowe oraz symulacje komputerowe. Projekt zakończy opublikowanie serwisu internetowego oraz kodu źródłowego autorskiego algorytmu 3D-OME przewidującego strukturę trójwymiarową genomu ssaczego na podstawie danych z sekwencjonowania następnej generacji, teorii biopolimerów oraz własności biofizycznych chromatyny. Chcemy pokazać, że modelowanie umożliwia opisanie transformacji lokalnej struktury trójwymiarowej chromatyny, oraz zaburzenia ekspresji genów znajdujących się w domenie genomicznej po wprowadzeniu zmiany sekwencji DNA (mutacji pojedynczego nukleotydu, delecji, duplikacji, insercji, etc.).

Ogłoszenie o konkursie na doktoranta.